ศาสตรจารย์สปลินเตอร์ ถูกกลุ่มวายร้ายปริศนาเล่นงานด้วยสารเคมีบางอย่าง เปลี่ยนให้เขาและลูกเต่าสี่ตัวกลายร่างเป็นสิ่งมีชีวิตสายพันธุ์ใหม่ เขาพาลูกเต่าหลบไปใช้ชีวิตซ่่อนตัวอยู่ในอุโมงค์ลับใต้ดินของเมือง และสั่งสอนวิชานินจาให้ จนลูกเต่าทั้งสี่ ลีโอนาร์โด, ราฟาเอล, ไมเคิลแองเจโล และ โดนาเทลโล กลายเป็นสุดยอดนินจาเต่ากลายพันธุ์ที่มีความสามารถที่แตกต่าง และเมื่อเหล่าวายร้ายออกมาก่ออาชญากรรมสร้างความวุ่นวายไปทั่วเมือง สี่ฮีโร่ในเงามืดจึงต้องโผล่ออกมาจัดการเพื่อปกป้องบ้านเกิดของพวกเขา ตำนานของฮีโร่สายพันธุ์ใหม่ได้เริ่มต้นขึ้นแล้ว !